La gestion des bassins versants est au cœur du mandat du CIAT. Il s'agit d'organiser l'utilisation de l'eau, des sols et des ressources naturelles à l'échelle des versants pour réduire les risques (inondations, glissements, érosion), protéger les villes et les plaines agricoles, et soutenir les activités agricoles et économiques. À travers des études, des guides méthodologiques et des stratégies nationales, le CIAT travaille à mettre en place une gestion intégrée des bassins versants, en lien étroit avec les collectivités, les ministères sectoriels et les partenaires techniques et financiers.

Le CIAT insiste sur le fait que les anciens projets qui se limitaient à des techniques physiques (banquettes, murets, etc.) ont souvent échoué. Depuis les années 1980, l'approche évolue vers :

• L'intégration du monde agricole (revenus paysans, systèmes de production)
• La prise en compte de l'énergie domestique (charbon de bois, gaz propane) pour enrayer la déforestation
• La vision de la gestion des bassins versants comme symbole de la restauration du territoire, avec des programmes de 10 ans portés par des structures locales de bassin

Le CIAT a produit un "Guide méthodologique pour les études de diagnostic des bassins versants" (2011), qui précise comment analyser un bassin versant avant d'y intervenir. Il prévoit :

• Un volet bio-physique : topographie, sols, géologie, occupation des sols, végétation, biodiversité
• Un volet eau : climat, hydrologie, hydrogéologie, points d'eau, périmètres irrigués, qualité de l'eau
• Un volet socio-économique : population, foncier, activités économiques, infrastructures et services de base
• La vulnérabilité : risques, systèmes de production, stratégies paysannes, leçons des expériences passées
• Des propositions d'intervention et un plan d'action

Ce guide s'appuie sur un travail de délimitation de 33 grands bassins versants pour le compte du CIAT (financement BID) et l'usage systématique des SIG pour caractériser leur morphologie et leur réseau hydrographique.